भारतीय उपमहाद्वीप के पश्चिमी तट पर छठी शताब्दी ई. की शुरुआत में कोंकण तट से दूर रेवती द्वीप और मुंबई के पास एलीफेंटा द्वीप पर पहली नौसैनिक कार्रवाई दर्ज है। ऐहोल शिलालेखों में पुलकेशिन I (597-608 ई.) और पुलकेशिन II (608-642 ई.) द्वारा किए गए इन समुद्री सैन्य अभियानों का विवरण है। 3000 ईसा पूर्व में हड़प्पा सभ्यता के बाद से उत्तरी अरब सागर में मुख्य रूप से व्यापार से संबंधित समुद्री गतिविधि मौजूद थी। हालाँकि, केवल सोलहवीं शताब्दी में ही पुर्तगाली उपनिवेशवादियों की भागीदारी में कालीकट की लड़ाई (1503 में) के साथ समुद्र में प्रमुख सैन्य कार्रवाई हुई, जिसमें अरब समुद्री डाकुओं द्वारा हज जहाजों पर हमले करने के साथ-साथ पुर्तगालियों द्वारा इस क्षेत्र में 'कार्टाज़' या समुद्री कर लगाने के परिणामस्वरूप झड़पें भी हुईं।
1612 में 'इंडियन मरीन' के रूप में एक नौसेना बल का औपचारिक गठन किया गया, जब कैप्टन थॉमस बेस्ट 5 सितंबर 1612 को सूरत पहुंचे, अंग्रेजी जहाजों के एक स्क्वाड्रन का नेतृत्व करते हुए। मुगल सम्राट द्वारा अंग्रेजों को औपचारिक रूप से भारतीय नौसेना के पूर्ववर्ती बनने के लिए अनुमति दी गई थी। मुगलों, मराठों और सिद्धियों की स्वदेशी नौसेना बलों ने औपनिवेशिक समुद्री शक्ति के एकीकरण को विफल करने के लिए एक बहादुर समुद्री प्रयास किया, लेकिन 1685 तक बॉम्बे भारतीय नौसेना के नए आधार के रूप में पूरी तरह से स्थापित हो गया। अपवाद 1699 से 1756 की अवधि थी जब कान्होजी आंग्रे और उनके उत्तराधिकारियों ने कोंकण के समुद्र और कान्होजी आंग्रे द्वीप, विजयदुर्ग और अंधेरी में संबंधित तटीय किलों पर प्रभुत्व किया।
मैनर हाउस को 1710 में बॉम्बे कैसल में फिर से बनाया गया था, जिसमें कैसल बैरक भी शामिल थे। यह कई बार भारत की नौसेना संरचनाओं के बॉम्बे मुख्यालय के रूप में काम करता था, द्वितीय विश्व युद्ध की शुरुआत तक, जब नौसेना मुख्यालय मार्च 1941 में नई दिल्ली में स्थानांतरित हो गया।
1716 तक, भारतीय मरीन को बॉम्बे मरीन के रूप में पुनः नामित किया गया था, जिसमें कमांडर-इन-चीफ के रूप में कमोडोर थे। 12 जून 1827 को, बॉम्बे मरीन के जहाजों को रॉयल नेवी के व्हाइट एनसाइन से अलग लाल ध्वज फहराने की अनुमति दी गई थी। चालक दल के अधिकांश लोग 'लश्कर' के रूप में भारतीय थे, जिन्हें 'लस्कर' भी कहा जाता है, जो मुख्य रूप से कोंकण तट से आते थे। इसके शानदार योगदान की स्वीकृति में, बल को 1830 में भारतीय नौसेना का नाम दिया गया! अगले तीन दशकों में विकास और वृद्धि का एक बड़ा दौर चला। युद्धपोतों का उत्पादन बड़े पैमाने पर शुरू हुआ और बॉम्बे में प्रशिक्षण स्कूल स्थापित किए गए।
ईस्ट इंडिया कंपनी से ब्रिटेन को सत्ता हस्तांतरण के बाद, भारत में नौसेना सेवा का नाम बदलकर बॉम्बे मरीन और बंगाल मरीन कर दिया गया। 1877 में, नौसेना संगठन को बॉम्बे और कलकत्ता में एक-एक डिवीजन के साथ महामहिम की भारतीय मरीन में एकीकृत किया गया। 1892 में, महारानी विक्टोरिया ने इस सेवा को रॉयल इंडियन मरीन (RIM) की उपाधि दी और बल का प्रभाव पूर्वी अफ्रीका से लेकर बर्मी जल तक बढ़ गया। प्रथम विश्व युद्ध के दौरान, RIM ने मुख्य रूप से फारस की खाड़ी और स्वेज में महत्वपूर्ण योगदान दिया।
फ्लीट के एडमिरल लॉर्ड जेलिको, रियर एडमिरल मावबी और लॉर्ड रॉलिंसन जैसे दूरदर्शी लोगों के प्रयासों से यह सुनिश्चित हुआ कि 02 अक्टूबर 1934 को बॉम्बे के कैसल बैरक में एक प्रभावशाली परेड के साथ रॉयल इंडियन नेवी (RIN) का उद्घाटन हुआ। फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग रॉयल इंडियन नेवी (FOCRIN) के अधीन बॉम्बे में नौसेना मुख्यालय की स्थापना की गई। अन्य बंदरगाहों पर भी प्रतिष्ठान बनाए जा रहे थे। 06 जनवरी 1923 को इंजीनियर सब-लेफ्टिनेंट डीएन मुखर्जी के साथ अधिकारियों के कैडर में भारतीय नौसेना में शामिल हुए। अधिकारी मुख्य रूप से मुंबई स्थित प्रशिक्षण जहाज डफरिन में चयन के माध्यम से शामिल हुए। अग्रणी भारतीय अधिकारियों और नाविकों को द्वितीय विश्व युद्ध के विभिन्न थिएटरों में सेवा करने का अवसर मिला, जो उत्तरी अटलांटिक से लेकर भूमध्य सागर और यहां तक कि सिंगापुर में भी थे।
स्वतंत्रता के बाद भारतीय नौसेना ने कुछ संगठनात्मक परिवर्तन किए। विभाजन के समय रियर एडमिरल जेटीएस हॉल रॉयल इंडियन नेवी के फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग पद के साथ सेवा के प्रमुख थे। एफओसीआरआईएन अंतरिम सरकार के भारतीय रक्षा मंत्री के प्रति सीधे उत्तरदायी था। जून 1948 में रियर एडमिरल जेटीएस हॉल को रॉयल इंडियन नेवी का कमांडर-इन-चीफ नामित किया गया। अगस्त 1948 को वाइस एडमिरल ई पैरी ने उन्हें सी-इन-सी, आरआईएन के पद से मुक्त कर दिया। 26 जनवरी 1950 को भारत के गणतंत्र बनने पर रॉयल शब्द हटा दिया गया और पद का नाम बदलकर सी-इन-सी इंडियन नेवी कर दिया गया। इसके बाद 1955 में पदनाम बदलकर चीफ ऑफ नेवल स्टाफ कर दिया गया और भारत के राष्ट्रपति को संवैधानिक रूप से सशस्त्र बलों का सर्वोच्च कमांडर होने का आदेश दिया गया। अप्रैल 1958 तक सेवा का नेतृत्व रॉयल नेवी के ऋण पर लिए गए अधिकारियों द्वारा किया जाता था। 22 अप्रैल 1958 को वाइस एडमिरल आर डी कटारी नौसेना प्रमुख के रूप में नौसेना की कमान संभालने वाले पहले भारतीय बने।
युद्धपोतों की संख्या में वृद्धि के साथ नौसेना बेड़े का आकार और भूमिका बढ़ी। जहाजों को कमोडोर, भारतीय नौसेना स्क्वाड्रन (COMINS) के अधीन भारतीय नौसेना स्क्वाड्रन में शामिल किया गया। बल कमांडर के पदनाम को पहले रियर एडमिरल कमांडिंग इंडियन नेवल स्क्वाड्रन (RACINS) और फिर फ्लैग ऑफिसर (फ्लोटिला) इंडियन फ्लीट (FOFIF) में अपग्रेड किया गया। बॉम्बे में प्रशासनिक प्राधिकरण मूल रूप से कमोडोर-इन-चार्ज बॉम्बे के अधीन था, जो अब फ्लैग ऑफिसर बॉम्बे (FOB) के अधीन था। फ़्लोटिला का विस्तार करके इसे फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग इंडियन फ़्लीट (FOCIF) के अधीन भारतीय बेड़ा कहा जाने लगा। FOCIF फ्लैग ऑफिसर, बॉम्बे से सेवा में वरिष्ठ था और प्रोटोकॉल में CNS से ठीक नीचे था।
1968 में सीएनएस का पद एडमिरल के पद पर अपग्रेड किया गया था। तटीय कमांड में भी कुछ बदलाव हुए और डिवीजन को भौगोलिक समुद्री क्षेत्रों की पुष्टि की गई। उसी समय, FOCIF को अब फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग वेस्टर्न फ्लीट (FOCWF) कहा जाता था, जिसमें फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग ईस्टर्न फ्लीट (FOCEF) के तहत विशाखापत्तनम में स्थित दूसरे बेड़े को मंजूरी दी गई थी। फ्लैग ऑफिसर, बॉम्बे को बाद में 1968 में फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग-इन-चीफ, पश्चिमी नौसेना कमान के रूप में अपग्रेड किया गया था। कमोडोर अधीक्षक, प्रशिक्षण प्रतिष्ठान को कमोडोर-इन-चार्ज, कोचीन और उसके बाद कमोडोर-इन-चार्ज दक्षिणी नौसेना क्षेत्र और अंत में फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग-इन-चीफ, दक्षिणी नौसेना कमान के रूप में अपग्रेड किया गया। भारत के पूरे पश्चिमी तट की रक्षा और पश्चिमी समुद्र तट पर संचालन की जिम्मेदारी के साथ पश्चिमी नौसेना कमान पश्चिमी नौसेना कमान के फ्लैग ऑफिसर कमांडिंग-इन-चीफ अफ्रीका के पूर्वी तट (दोनों खाड़ी सहित) से लेकर भूमध्य रेखा के दक्षिण तक के अभियानों की देखरेख करते हैं, जिससे पश्चिमी नौसेना कमान एक प्रमुख अंतरराष्ट्रीय नौसेना इकाई बन जाती है। वास्तव में यह हर संभव तरीके से उभरते भारत की समुद्री ताकत का निर्माण करता है।